跟中国通商，成为他们摆脱困境的唯一机会，因此自然而然的支持本藩商人参与走私贸易。这跟伊丽莎白支持海盗是一个道理，就是没办法的事情。但幕府接二连三的制裁，导致跟强藩关系紧张。后来幕府接受开国，勉强缓和了关系，但幕府却将海关把持在手里，要求开港的藩国必须向幕府奏报，幕府派出海关奉行去管理港口。结果外贸中最大一笔利益，关税生生被幕府拿走了。
矛盾早已不可化解，贸易越是繁盛，强藩越是不满，战争是迟早的事情。只要有一个火星子，野火就会燎原。导火索是一次偶发事件，一艘英国船闯入了长州藩的下关，运输的是印度棉花，可因为幕府不接受来自英国的商船直接通商，决定扣押这艘船，英国人不配合，下关奉行要求长州藩派兵镇压，长州藩却擅自放走了英国商船。幕府大为不满，要求长州藩制裁相关的一些藩士。长州藩不肯接受，双方因此剑拔弩张，藩主毛利敬亲正好结束了参觐交代。此时有人向幕府告密，那艘英国船运输的，其实不是棉花，而是武器。长州藩勾结夷人，意图不轨。
幕府要求毛利敬亲来江户解释，但毛利以不合体制为由拒绝，他刚刚结束参觐交代，没理由再去江户，事实上他也怕。长州藩跟英国人有联系，这是事实，经济上，因为英国人送来的棉花更便宜，中国商人卖的贵，长州藩通过跟英国人的走私，从中获利不少。只是这次英国人不知道脑子哪里不对了，闯入幕府把持的马关港。
幕府以毛利敬亲和长州藩不敬为由，严厉斥责长州藩，然后经过跟其他强藩沟通，发现支持长州藩的不多，幕府早就对西南强藩擅自通夷不满，这不但意味着关税降低，还有未知的风险，尤其是他们阳奉阴违，等于公然破坏锁国法令，挑战了幕府的威信。但西南强藩相互勾结，一直让财政紧张的幕府投鼠忌器。
这次洋人公然闯关，让长州藩处于不利地位，幕府决定杀鸡儆猴，召集了两万幕兵，讨伐长州藩。
可结果竟然战败了，被八千长州藩兵杀的大败，双方的战斗，都不是传统意义上的日本战争，而是使用了线膛枪和爆炸炮的火器时代战争，但长州藩对火器的理解显然更深刻，他们的軍队组织更科学。
幕府战败之后，威信大大降低，这时候许多蕃阀看到，幕府连一个强藩都打不过，对幕府不再畏惧。
长州藩虽然打败了幕府，但知道自己的斤两，自认为没有正面挑战幕府的底气，担心幕府继续讨伐，他们开始拉拢其他蕃阀，同样重视兰学的萨摩藩跟长洲联盟，约
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