康熙之后，清朝政府是禁止天主教公开传教的，但他们在北京的教堂还存在，神父也没有驱赶，因为皇帝都需要这些传教士的专业知识，圆明园里的西式建筑可不是当地工匠凭空弄出来的。
公开传教一律禁止，可秘密传教是少不了的，从闽粤沿海，到川陕腹地，都有传教士秘密传教，甘肃的中国神父甚至可以去意大利学习，天主教编织的秘密宗教渠道，覆盖范围机器广泛。
乾隆十一年，也因此发生了类似朝鲜的那种教案，在福建，方济各神父被逮捕然后勒死于狱中；若亚敬神父在闽县监狱，以石灰塞住五官，使其窒息而死；费（若望）、施（方济各）二神父则同被绞死于狱中。在江苏昭文等地，亦查获了秘密传布天主教的意大利人谈方济和葡萄牙人王安多尼。皇帝密谕令其瘐毙。
中国本地神父被发现后杀害的更多。
这些宗教力量，在满清王朝得不到支持，现在改朝换代了，他们也是第一批寻求周琅支持的力量。
北京的天主教、俄国东正教，都派人来拜见过周琅，请求准许他们自由传教。
从思想上来说，周琅对这个并不在乎，我又不是你爹，我管你信什么呢！但从政治角度考虑，他必须给与一定的限制。可政治是永远无法打死宗教的，满清那么狠，传教士依然遍及中国，上海的天主教徒从明末一直秘密活动，坚持到了鴉片战争之后。
打击他们，只能让他们的活动从地面转移到地下，事实还是存在的。
所以周琅对传教士表示，他原则上不反对宗教信仰，也同意传教士们提出的，允许他们购地自建教堂的请求，但给他们划了一条线，只能局限于已经开放的城市，禁止他们进入内地尤其是乡村传教。
至于说因此西方宗教会在城市中扩散，周琅并不担心，这些又不是什么反叛组织，正规的宗教是不会反对政治的，白莲教才会。而且相比那些巫婆神汉来说，正规宗教更有进步意义。
只是周琅对本土宗教有些恨铁不成钢，西方宗教可以跨越大半个地球，从欧洲跑到中国来传教，怎么中国的佛道儒就不能走出去，不能去冲击西方人的思想，给他们制造混乱？
儒教不用说了，这就不是一个热衷于传播的宗教，甚至只是一个带有宗教性质的学术流派罢了，孔子应该算是教师的祖宗，可教师行业在中国的地位太高了，垄断了政治权力。
佛教已经堕落到一个个和尚只知道香火钱，世俗到了寺庙成为藏污纳垢之所，如果每一个和尚都是
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