其实从袁崇焕刚复出时就已经在打毛文龙的主意了，因为毛文龙的部队占用了大量的军饷，而且还是个无头帐。明朝为了防止大将贪污军饷，规定必须有文官监管账户，现在的情况是要多少军饷全凭他毛文龙报上来多少人数，不但人数没法核实，他还不让你派会计去核查账户。
当时袁崇焕和内阁辅臣钱龙锡谈到平辽事宜，都认为先从整顿东江入手。袁崇焕当时对毛文龙的态度是：可用则用之，不可用则杀之。可见，当时袁崇焕已经动了杀机。在料理完了辽东的一应事务后，袁崇焕终于将目光投向了东边。
二十九日，袁崇焕来到双岛和毛文龙展开会晤，商讨两家今后的合作事宜。袁崇焕要在皮岛设立文官监军、粮饷由宁远转发、改编部队，毛大帅对此都比较感冒，不同意。对于他这种做贯了“山大王”的人，你突然给他来几个民主的举措，让他在阳光下行使权力，他不抵触才怪。可能毛文龙当时还在想，靠，你都民主了，当官还有个鸟意思啊。
谈判破裂，袁崇焕就劝毛文龙告老还乡，卸甲归田，你名利已经双丰收了，可以趁此退休，辽东的这个烂摊子，就由我来收拾吧。
可是毛大帅大有一种“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”的英雄气概，有一种迎难而上的性格，对于袁崇焕的劝告，他错误地分析了形势，还大言不惭起来，大有辽东之事，舍我其谁的架势。
毛文龙：唉，光荣退休这件事，我也考虑过，可是现在只有我比较熟悉辽东事务，我就受累些吧。
好了，不谈了，谈不下去了，再谈下去也是浪费感情和口水。是你自己不识抬举，我也是多次奉劝失败才动手的。
六月初五，袁崇焕祭出了尚方宝剑，绑了毛文龙。
毛文龙：为什么是我？
袁崇焕：没办法，我也是千挑万选的，谁让你这么优秀！
毛文龙：我不服，我要上诉。
袁崇焕：没用的，我这是尚方宝剑，就是代表最高法，我现在就是最高检，你往哪儿上诉去？
毛文龙：可我也有尚方宝剑。
袁崇焕：你那把是母的，我这把是公的，能耐比你大。
就这样，毛文龙绝望地伸长了脖子。
崇祯听说毛文龙被袁崇焕咔嚓了，也是大吃一惊。但一想，也是自己递的刀，辽东现在有用的人才寥寥可数，也就没有怪罪袁崇焕。相反，他还给了袁崇焕不少信心，夸了他不少。就是现在我很器重你的，国家现在正是百
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