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就在第二天，从北京也传来了消息，清廷作出几项重大的人事变更，首先是摄政王多尔衮病重不能理事，由礼亲王代善出面，代行摄政事务；洪承畴因为江南督师不力，败军辱国，但估念其对大清一片忠心，平时素有功劳，因此令其戴罪立功，出任屯田大使，责任陕北、甘肃等地的军屯事务。而郑亲王济尓哈朗从辽东调回北京，奉命南下总督湖广、河南、山东军务。
付责屯田工任，其实是一个苦差事，由其是陕北、甘肃都是屡遭战乱的地区，不少地方的田园荒芜都在十几年以上，没有十年的功夫，很难见到大成效，因此让洪承畴干这个差事，也可以看作是对他变相的一种惩罚，当然让洪承畴出任屯田大使，实际是一个幌子，其由是付责军屯，其实就是让洪承畴借机训练新军，否则在朝廷里交待不过去。
不过虽然洪承畴为多尔衮承担了败军的责任，但毕竟现在多尔衮才是清廷话事人，而且这一次南征也是多尔衮一力主张策划的，因此南征失利之后，也连带多尔衮的声望大跌，满州贵族中有不少人对他都颇多微词，同时多铎战死，也是多尔衮阵营的一个重大损失，一些过去受多尔衮压制的势力也都看到了机会，开始蠢蠢欲动，企图把多尔衮扳倒，取而代之。
郑亲王济尔哈朗也就是其中之一，虽然这时济尔哈朗人在辽东平乱，但也遥遥指挥着一些党羽，在北京上下活动，不断拉陇其他反对多尔衮的势力，借这次战败之机，打击多尔衮，为济尔哈朗造势。而且济尔哈朗本身，也还有一定的实力，因此其他一些人也都附庸在济尔哈朗周围，摇旗纳喊，为他助威造势。
但多尔衮毕竟是掌权多年，势力根深蒂固，虽然元气大伤，但仍然不可轻动，而且两宫皇太后也十分清楚，现在清廷还需要多尔衮坐镇，因此双方又结成了暂时的同盟。
不过现在济尔哈朗的攻势咄咄逼人，多尔衮暂时还不能与其正面交锋，因此也想出了一个以退为进的办法，以病重不能理事为由，趁着济尔洽朗在辽东平乱，把一向不管事的代善推到前台来当幌子，而多尔衮退到背后来操纵一切。以代善在清廷的资历,由他接替多尔衮代理摄政事宜,谁也说不出反对的意件来。而且代善年事己高，本来就不大理事，朝野上下又尽是多尔衮的党羽，又有两宫皇太后的支持，也不怕代善会趁机夺权。
代善推辞不过，只好答应出头来代理摄政事宜，不过他也十分清楚自己的位置，因
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