原来郑成功对绍武朝廷问都没问自己一声，就做出招降金声桓的决定十分不满，而且自己在福建和清军苦战十余仗，收复泉州、彰州、福宁州等地，又迎接朱聿鐭一行到闽，立下了迎架的大功,现在也才不过连封个公爵，而金声桓只不过是在走投无路的情况下才投降，居然也被封为公爵。
郑成功的政治经验虽然不足，但也清楚，这分明就是有意在针对自己，想想自己为绍武朝廷所做的事情，心里就更觉得不平衡，连手下的将士们也颇多的怨言。
加上郑成功更不愿和商家军为敌，因此也就上了这一份奏疏，故意推托。
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福建紧邻浙江，而且郑成功也十分关注南京的战事情况，因此对战事进程的消息，也比其他地方知道得早一些。品书网 在商毅收复了南京之后，郑成功首先向商毅发出了贺信，然后开始出兵进取福建之地。
这时绍武朝廷的君臣一干人员都巳经逃到了福建，被郑成功安置在泉州，而郑成功也以绍武朝廷的名议招集福建各地抗击清军，加上这时觉罗巴哈纳急着回兵去救援南京，因此把褔建之地几乎完全放弃，而郑芝龙毕竟是在福建经营多年，深得人心，一些地方的乡绅大户势力见清军撤走，也都纷纷向郑成功请降。结果郑成功在短短一个月的时间里，除了被商家军占领的建宁府之外，基本收复了福建的全境。
因此郑成功一时声威大振，许多郑芝龙的旧部也都纷纷重新归付到他的麾下，就连绍武朝廷的广东总兵林察，原来也是郑芝龙的旧部，这时也回归到郑成功的部下来下。郑成功的势力也顿时爆涨，一下子拥兵四五万之众，各种战船五六百余艘，其中大中型战船不下百艘。
而绍武朝廷这时也总算是取得了一块立足安身之地，内阁大学生苏观生也建议皇帝朱聿鐭，迁到福州去安居,并且正式设朝，因为福州是隆武朝廷的定都之地，绍武朝廷是隆武朝廷的沿续，到福州去定居设朝，也是十分合理的事情。因此朱聿鐭也立刻下旨，到福州定都，并命郑成功留守泉州。
不过朱聿鐭等人急于迁都，其实是另有原因的。绍武朝廷本来就是原隆武朝廷的一批官员为了抵御永历朝的吞并，在仓促之间建立，说得难听一点，就是朱聿鐭、苏观生等人在日暮途穷之时，急于想过一下皇帝瘾、內阁大学士瘾罢了。在另一时空里，绍武朝廷仅仅只存在了一个多冃的时间，没有任何积极意义，唯一直得称道的地方就是在绍武朝廷灭亡之际，朱聿鐭、苏观生都自尽殉国而亡，还算有点骨气。
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