商毅带领着人马从杭州出发,沿路都可以看见来往不绝的民夫车辆,都装载着各种各样的物资，排着长长的队伍。.. 虽然跟队押运的军队并不多，但秩序井然，并没有出现混乱的局面。
而且几乎所有的在许多车辆上都插着各种颜色的旗帜，或者贴着标语，写着“恢复中华、驱逐鞑虏”，“收复南京，打败满清”等字语。沿途还有不少年轻人在大声鼓励民夫们努力，把物资尽快送到前线去，为抗击清军，保卫家园贡献自己的一份力量。
看到这些情景，也让商毅十分满意，看来宣传组织工作确实做得十分到位。
三天之后，商毅的一行人马到达南京外城的小安徳门附近，成进的第一军己经在这里扎下了大营。这时其他各路人马也都基本到达了自己的阵地。
南京分内外两城，内城才是真正的南京城区，城墙都是用米汤、蛋清调灰烧制的青砖砌成，高大宽厚。而外城实际是一道不高的土围墙，而且连续长达一百余里。
这时清军在南京城中的总兵力约有九万左右，其中满旗和三大营的人马约有两万余人，汉军和绿营约有二万六七千人，其余全是其他降军。主要的将领有：屯齐、鳌拜、满达海、刘之源，李思忠、士彦、郝效忠等人。另外有各种火炮二百七十余门，火铳一万余杆,霹雳火箭六百余简，震天雷六千多个。
自从商家军对南京地区的合围完成之后，多铎也知道大势不妙，于是也在南京城内开始布置准备守城的计划，虽然说清军的兵力确实不算少了,但南京的地区实在太大，而城墙又太长，清军的兵力仍嫌不足，根本不可能把防线扩大到外城一线，因此多铎也决定把南京的外城全都放弃，把防线布置在内城和内城的外围地区，集中兵力驻守。
清军占领南京时，南京城里的居民只有七八万，经过了近一年的时间发展之后，现在南京城里的居民也已经接近到二十万，虽然离正常时期还相差甚远，但也恢复了几分元气。而这时多铎也下令在南京城内实行军管，所有人员一率听从清军调度，所有粮食、财产、物资也全都交出来，由军队统一分配，违令者立斩。
为了弥补清军的兵力不足，多铎首先下令将城中的居民十五岁以上，四十五岁以下的男孑全部都编组成军，一下子就扩充了近五万人，发给武器，进行短期训练，平时付责修筑工事，在商家军进攻时，也要全都参加战斗。同时也把年轻妇女都组织起来，付责做饭洗衣照顾伤员等后勤事务。
同时多铎虽然没有勇气放商家军
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