于是商毅也决定，这一战在淮安方面，由第一师和第三师担任，并拔给他们一个骑兵团和一个侦察营,总计约二万五千人马。由成进为总指挥，王信为副总指挥，进攻方向由淮安渡过黄河，收复运河以东、黄河以北的全部地区，一直到郯城、赣榆两地为止。并由笫四师仍然守卫泗州、盱眙一线，并向虹县、灵壁发进详攻，牵扯清军的兵力，保护渡河人马的侧翼。将于七天以后，也就是六月十二日，开始渡河。
而山东一线向兵力由周少桓来调配，总计投入人马一个师和一个旅。首先攻取青州府南部的莒州和蒙阳，然后进军兖州府，攻取沂州，双方在郯城、赣榆两地碰头。同时商毅也决定，将童大勇的独立团升级为旅，童大勇也升为旅长。而山东军区新成立的两个旅也定为正式编制，以商家军第二、四旅为番号。
同时商毅还决定，在山东地区开设一个印刷厂，并设立一个［杭州时报］编辑部驻山东的分社。又要求周少桓定期安排组织连排级军官，到杭州军校参加短期的军事理论知识培训。并不组织青少年，到杭州开设的各个学校读书，为山东的军政机构培养各种人材。
分派完毕之后，周少桓和唐镇也连夜乘船赶回山东去准备作战。而商毅也留下成进、王信、罗远斌等人在淮安准备出兵，自己返回扬州，等着周少卿来上任。
原来商毅的命令发到杭州之后，叶瑶立刻和周世奇、王夫之等人商议，派出淮东地区的人选，王夫之提派周少卿去。叶瑶当即同意，而周世奇也没有反对。
王夫之提议周少卿，到是出自一片公心，因为周少卿虽然有些高，而且又死板，但在出任嘉兴知府一年多的时间里，确实是尽心尽责，政绩十分突出，对商毅的各项要求都全力完成，无论是查土地，还是扶助商人投资，吸引海外商人来港，以及海关的管理，都做得十分出色，而且自身也奉公守纪，再加上周家和商毅的亲近关糸，因此认为周少卿是出任扬州知府的最合适人选，并且还可以节制淮安府。
而且周少卿的这些工作成绩，叶瑶做为商毅在杭州的代理人，当然是知道得十分清楚，因此也赞同王夫之的提议。
不过周世奇心里却另有一番打算，因为原来周少卿曾对叶瑶出言不逊过，虽然商毅和叶瑶并介意，但周世奇却总觉得有些芥蒂，因此也觉得借这个机会，把周少卿打发出浙江去，免得老是和商毅、叶瑶碰面，万一那一天不小心又说错了话。
而且在另一方面周世奇比周少桓看得更清楚，现在商毅实际已经成
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