而且内阁中斗争激烈，即使东林党内部，也常因意见不一而生争吵，办事效率可想而知。其他事务犹可，涉及军事可是半点也耽误不得的，因此朱由检过去经常不得不绕过内阁，直接下达特旨。这样做表面上看起来效率是高了，但官员集团对此意见非常大，抵触情绪也非常严重。幸亏几次军事行动都成功了，一旦有一次不成功，恐怕他们就要借机群起而攻之，朱由检的权威就会生动摇。
现在朱由检设立军机处，把军事问题单从内阁里拿出来，尤其是规定军机处有权下达军事部署，这就等于是票拟了，无疑是减少了内阁和官员集团对自己的阻力。
但是朱由检的军机处与清朝的军机处还是有重大区别的。清朝的军机处其实就是让皇帝大权独揽的一个工具，军机处大臣看似位高权重，实则只是承旨下达。后来也不光是处置军情了，几乎所有朝政军机处都要管，等于是把内阁给架空了。
而且经军机处下达的旨意，和经内阁下达的“廷寄”还有一个显著的区别，那就是廷寄是晓谕天下的，而军机处的旨意叫“上谕”，只给领旨的人，其他人无从知晓。这固然让皇帝的权力达到了无以复加的地步，但这种秘密政治实则对国家非常有害。因为整个社会都变得没有规则、没有法律可循，什么事都是皇帝一个人说了算，每个人都是奉旨办事；而皇帝的精力是有限的，不可能面面俱到，长此以往，国家必然陷入僵化和腐朽。
所以朱由检并不想架空内阁，只想把军权从内阁中分离出来。他真正想效仿的是现代的“中央军委”，或是“参谋长联席会议”，即只有军事指挥权，而不干涉其他事务。甚至像征兵、编制、装备、训练、军事科研、军人薪资待遇等“普通”军事事务，也仍归兵部管。说白了一句话，军机处只管打仗。
至于军机处的人选问题，东林党有东林党的打算，朱由检也有朱由检的高招，否则他也不会轻易提出这个构想，反被东林党利用。明朝的规矩是以文制武，这一点朱由检并不反对。但具体的军事作战，必须由武将去完成。明朝在这方面做得太过，连领兵打仗也必须由文官担任统帅，而文官又不知兵，必然导致军事失败，辽东如今的局面便是文官统帅造成的恶果。
现在朱由检虽然掌握了一部分军权，但还是不能完全放开手脚，任用有才能的武将。比如从辽东撤兵至山海关，名义上算是孙承宗指挥的，孙承宗为此还背了黑锅；平定西南叛乱，名义上算是成基命指挥；京师保卫战，名义上是内阁指挥，实际上是朱由检直接指挥
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