以马青的迅速落网为起点，锦衣卫顺藤摸瓜，很快逮捕了潜伏在京师的十余名白莲教徒，一张窃取大明帝国最高军事机密的庞大而隐秘的网络渐渐开始浮出水面。
这些白莲教徒，有的本来就是京师人，有的是以做生意为掩护来到京师的。他们的目标并不仅限于军工厂，也包括低级官吏、京营官军，以及所有和官府有关的人群。当然他们不敢公然到军营、官府附近转悠，而是“苍蝇专叮有缝的蛋”，最擅长在酒楼、赌场、妓馆等藏污纳垢之处寻找合适的目标。
找到目标后，这些人先是投其所好，利用小恩小惠和对方混熟；然后以赌局、色局等手段，让对方入不敷出，甚至欠下巨额赌债；最后才会露出庐山真面目，套出真正想要的东西。而且只要落入圈套，就会越陷越深。像马青自知身犯重罪，几次提出要让他们协助逃到襄阳去，可是白莲教还想通过他窃取更多的先进技术，当然不肯助他逃走。
不过白莲教也失算了，他们没想到利用窃取的技术制造的手榴弹刚偷运进南京，这么快京师就展开缉查，连一天时间都没到，马青就落入法网。虽然这些人都是单线联系，但正所谓“人心似铁假似铁，官法如炉真如炉”，锦衣卫大刑伺候之下，就像一条线上的蚂蚱，上一个咬下一个，很快就被一网打尽。
朱由检对现代法律理念中的“禁止刑讯迫供”一直是有不同看法的。对于未犯罪或是仅犯了小罪的人来说，刑讯确实会造成屈打成招，甚至有审讯人员故意滥用刑罚，使好人蒙冤而真凶逍遥法外。但是，在刑讯中，屈打成招的到底占有多大比例，却是个值得深思的问题。
如果政府拥有无限的司法资源，当然在理论上可以不通过刑讯手段，而完全靠人证、物证、旁证等完整的证据链，不用嫌犯的口供亦可定罪。可是事实上这是不可能的，别说是当前这样的乱世，即使是前世号称司法制度最完备的美国，由于过于强调证据定罪，又有一帮无良律师为了赚钱，挖空心思为嫌疑人脱罪，审定一个案子往往要花费几年、甚至十几年的时间，消耗大量的司法资源。
表面上看起来，这在程序上是“公正”了，是确保了嫌疑人的“合法权益”。可是由此司法资源被大量消耗，大量罪犯得不到及时、应有的惩罚，政府无法把更多的资源投入到预防犯罪上，导致美国罪案频发，损害了更多的普通百姓的利益。
而刑讯手段虽然简单粗暴，却在大多数案件中行之有效，效率极高，在很大程度上节省了司法资源。尤其是一些惯犯、累犯和心理
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