俄罗斯联邦安全会议秘书博尔久扎的职务，任命普京接任。4个月后，7月25日，叶利钦又任命普京兼任俄罗斯联邦安全委员会（前身克格勃）主席。当基里延科总理在克格勃总部为普京上任举行简短仪式时，普京满怀ji情地说：“我回到了娘家。”8年前他离开克格勃开始从政，现在政治又把他送回到克格勃总部。
1999年9月9日，普京被委任为三位俄罗斯总理候补之一。在此之后，前一届总理领导的政府倒台…俄罗斯总统叶利钦指定普京出任总理。叶利钦同时宣布，他希望普京能够继承他的衣钵。普京也宣布，他接受叶利钦的委任。8月16日…国家杜马以票通过普京出任总理（84票反对，17票弃权）。由于他之前的四任总理在任时间均不长，公众并不对当时默默无闻的普京有所期待。普京的主要对手尤里＝米哈伊洛维奇＝卢日科夫等人当时已经开始了竞选活动，且致力打击普京，避免他成为叶利钦的继承人。然而，普京凭借坚持法律与秩序的公众形象以及对车臣事件的坚决态度最终成为很受欢迎的总统候选人。普京对车臣事件自始至终都持强硬态度。1999年，车臣分离主义分子入侵邻近的达吉斯坦共和国，普京马上下令还击。1999年12月31日，普京访问了车臣的俄罗斯官兵，这极大地提升了他的公众形象。近年来…普京已刻意淡化车臣事件的重要xing。年，车臣新宪法规定车臣是俄罗斯的一部分，此事方才缓和。后来，车臣建立了选举制度与地方政府，车臣事件基本已经顺利解决。
当时，普京并没有与任何党派建立正式关系…但他支持的统一俄罗斯党在1999年国家杜马大选中赢得了23328的票数，在所有党派中位列第二名。至此，普京已成为年俄罗斯总统大选中胜算最高的候选人。1999年，普京被叶利钦总统委任为俄罗斯总理。同年12月31日晚，叶利钦突然宣布辞职，普京根据俄罗斯宪法规定出任代总统。为此…原定于年6月举行的俄罗斯总统大选提前到了3月26日。大选的提前使反对党派无法充分做好准备，而普京的实际掌权也削弱了反对党派的力量，因此在随后的大选上，普京获胜并出任总统。不过根据叶利钦女儿塔季扬娜事后的说法，普京当时并不希望即时继任总统，而是希望叶利钦能继续总统一职直至任期完结。年0月，普京通过了俄罗斯国歌修改法案，将国歌曲调修改为1991年前苏联国歌的曲调，但配上了不同的歌词。
2001年2月12日，普京签署了一项法案，规定国家保护前总统与他们的家庭。
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