了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。
在战国时代，忍术开始有长足的进步，因为这个时代非常需要忍术，武术和兵法。但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。忍术发达的地区有以下几处忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称：武藏，甲斐，越后
信浓，伊贺，等四州
甲贺，纪伊，等叁州
其中后叁州的忍术在日本是最为发达的。
猿飞佐助佐助是日本战国时代非常有名的忍者真田十勇士之首。是居住在信州鸟居峠的山林中的隐士鹫尾左太夫之子。一天傍晚在山中与山猿追逐嬉戏时偶遇甲贺流忍术高手户泽白云斋，并拜其为师学习甲贺流忍术。三年后忍术学成，达到免许皆传（日本各种武术流派弟子中最高水平的称呼）段位。十五岁时一天，在鸟居峠狩猎时遇到真田幸村，成为幸村之家臣，并改名为猿飞佐助幸吉。大坂保卫战前，幸村在九度山蛰居，这时佐助游历日本，并将天下情势及时报知幸村。
战国时代，甲贺忍者与伊贺忍者分别为不同的主公卖命，早期为京都附近的诸侯，如六角氏，筒井氏，细川氏服务.后期臣服于天下霸者织田信长，在信长事业最辉煌的10年间（1572-1582）.依托信长的甲贺迅速发展，并趁伊贺遭到屠杀之际一度有独霸忍界的趋势.然而，这种趋势随着1582年信长在京都被部下谋杀，织田家四分五裂而停滞.但凭借这10年的积累，甲贺依然可以在日后德川幕府的时代与"御用忍者"的伊贺分庭抗礼.
战国时期的甲贺有一种被称为「郡中惣」的独特的合议机制，大小事情都由「郡中惣」来决定.在1487年发生的长享之乱中的钩之阵中活跃者的住在甲贺的五十三个地侍（乡士）被称为甲贺五十三家，其中最重要的被六角家授予感状的二十一家被称为甲贺二十一家.
钩之阵和甲贺忍者照片中的是钩之阵时义尚本阵真宝馆（永正寺）钩之阵是发生在1487年.当时以观音寺为大本营不断积聚着力量的六角氏无视足利幕府的命令，将军足利义尚派兵讨伐，于是就爆发了同六角家的战争.义尚动员了诸国的大名*近六角家的居城观音寺，六角政赖，高赖父子弃城逃往甲贺城.于是义尚把本阵移到栗太郡.钩的安养寺，并攻落了甲贺城.逃出来的六角父子命令手下的甲贺武士在山里展开游击战.
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