当然他也要履行自己身为益州大都督府长史的职权。不要小看大都督府长史这个职位，在唐朝益州大都督这个职位大多都是由亲王遥领的。并不管都督府的任何职务，所有的行政皆由大都督府长史来处理，也就是说高士廉是益州行政第一把手。
当时蜀地民俗轻薄，很多偏远的地方。迷信鬼神之说害怕鬼怪而厌恶病人，就算对于生病了的父母都不敢在床前侍奉，而是远远地以棍棒挑着食物地给他们吃。高士廉得知如此情况。因势诱导，使得风俗得以改观。同时还在秦时李冰疏浚的汶江之外。又挖掘一条新渠，让蜀地百姓大获其利。此外。他又用空闲时间组织诗文辞赋之会，让儒生研讨儒家经典，勉励青年学生，以致蜀中蓬勃办学，将西蜀之地治理的井井有条，使得蜀中大治。
现今李世民已经登基为帝，坐稳了李唐江山。可谓大势所趋，万众归心。也就将高士廉调回长安听用，体谅父亲年事已高还特许李建成回长安探望。
这蜀地不好治理，高士廉能够干的如此出色，能力可见一般。辽东的情况比蜀地更为恶劣，高士廉有治理蜀地的经验，对于辽东的治理也当得心应手。
李世民也知高士廉是一个合适的人选，但是自己这位舅子帮了他太多的大忙，却没有好好享受过，原本打算将他调回长安，让他当任宰相职位，达成一个文官最高的梦想：封侯拜相，让他去治理辽东，这个想法自然告吹，觉得有些对不住他。
“能者多劳！”杜如晦颔首道：“义兴郡公是最佳选择，这时派人去辽东不只是治理，还要配合大总管攻取高句丽，甚至还要与百济大和国决战。治理辽东，确实不只一个人选，但要配合大总管用兵，却是最佳的选择。若实在有所顾忌，陛下派臣或者房相、魏大人去也行，马周也是一个选择，只是他官职太低，还不足以总揽辽东大权。”
李世民无言以对，现在大唐正在关键时刻，房玄龄、杜如晦、魏征的重要性不言而喻，他离不开这些治世大才，颔首道：“我明白了，就让舅父去辽东吧。有他在，我也放心。”
“臣这里觉得应该适当地给大总管增兵了，东路不比西路。西路大军没有像样的城池，不怕给截了后路，可以一直将兵权握在手中。东路不一样，那边的地势险要，每一座城池都有一定的战略意义，大总管每攻下一座城池，必需要派兵留守。尤其是辽东这样的坚城，更是如此。这攻下的城池越多，他手上真正的可用兵马就不多了。”房玄龄说着有些为难的吹嘘道：“这大总管越发成熟厉害，他不可能不知
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